008 च्या मालेगाव बॉम्बस्फोट प्रकरणातून नुकतीच निर्दोष सुटका झाल्यानंतर भाजपच्या माजी खासदार साध्वी प्रज्ञा सिंह ठाकूर यांनी तपास यंत्रणांवर अत्यंत गंभीर आरोप केले आहेत. तपास करत असताना तत्कालीन अधिकाऱ्यांनी आपल्याला तत्कालीन गुजरातचे मुख्यमंत्री (आणि आताचे पंतप्रधान) नरेंद्र मोदी आणि उत्तर प्रदेशचे मुख्यमंत्री योगी आदित्यनाथ यांच्यासह राष्ट्रीय स्वयंसेवक संघाचे प्रमुख मोहन भागवत यांची नावे घेण्यासाठी दबाव आणला होता, असा खळबळजनक दावा साध्वी प्रज्ञा यांनी केला आहे.