२००८ च्या मालेगाव बॉम्बस्फोट प्रकरणातील सर्व सात आरोपींची n. I. A. च्या विशेष न्यायालयाने नुकतीच निर्दोष मुक्तता केल्यानंतर, या प्रकरणाला एक नवीन आणि धक्कादायक वळण मिळाले आहे. या प्रकरणाच्या सुरुवातीच्या तपासाचा भाग असलेले महाराष्ट्राचे सेवानिवृत्त ए. टी. एस. (Anti-Terrorism Squad) पोलीस निरीक्षक महेबूब मुजावर यांनी एक खळबळजनक दावा केला आहे. मुजावर यांनी म्हटले आहे की, तत्कालीन वरिष्ठ अधिकाऱ्यांनी त्यांना राष्ट्रीय स्वयंसेवक संघाचे (RSS) सरसंघचालक मोहन भागवत यांना अटक करण्याचे किंवा "धरून आणण्याचे" आदेश दिले होते. हे आदेश 'भगवा दहशतवाद' (Saffron Terror) सिद्ध करण्याच्या उद्देशाने देण्यात आले होते, असा त्यांचा दावा आहे.